Bioinformatique réunit les technologies de l'information et de la biologie moléculaire, il est donc logique que l'Internet est l'arène principale pour la poursuite de l'information de la bioinformatique. La liste suivante propose des liens vers des sites Web utiles à travers le monde et les zones qu'ils se spécialisent dans:
Sommaire
Ensembl: Le génome humain
GenBank / DDBJ / EMBL: séquence nucléotidique
PubMed: références de la littérature
Swiss Institute of Bioinformatics: séquences de protéines annotées
InterProScan: Les domaines protéiques
OMIM: maladies génétiques
GenomeNet: voies métaboliques
Les sites de bioinformatique Web dans la liste ci-dessous offre de l'aide dans l'analyse de séquences d'ADN et d'ARN. Et, dans le mariage de la technologie de l'information et de la biologie moléculaire qui est la bio-informatique, ce type d'analyse est ce qu'elle est tout au sujet.
Webcutter: Carte de restriction
GenomeScan: Gene découverte
blastn, tblastn, blastx: recherche de base de données
Le navigateur de Génome: parcourir les données ultimes!
Mfold: prédiction de la structure de l'ARN
Avec la bioinformatique, vous pourrez explorer la biologie moléculaire en utilisant la technologie de l'information. Les liens vers les sites Web dans la liste ci-dessous accent sur des séquences de protéines. Certains offrent bases de données interrogeables, d'autres vous aider à enquêter sur une seule protéino tous sont utiles:
Recherche d'homologie Base de données: BLAST
SRS: recherche de base de données
Entrez: recherche de base de données
InterProScan: Trouvez domaines protéiques
ExPASy: Analyser une protéine
Alignement de séquence multiple: ClustalW
T-Coffee: Évaluer alignement multiple
Jalview: Multiple éditeur d'alignement
PSIPRED: prédiction de structure secondaire
Cn3D: affichage et de spin structures 3-D
Lorsque vous utilisez l'Internet pour aider avec votre projet de bioinformatique, vous tombez sur des données dans toutes sortes de formats différents. Le tableau suivant peut vous aider à comprendre formats bioinformatiques communes et ce que vous pouvez et ne pouvez pas faire avec eux.
| Format Nom | Description |
|---|---|
| BRUT | Format de séquence qui ne contient pas d'en-tête. Espaces andnumbers sont généralement tolérées. |
| FASTA | Ceci est le format par défaut. Format de séquence qui contient aheader ligne et la séquence: > nom AGCTGTGTGGGTTGGTGGGTT |
| PIR | Format de séquence qui est similaire à FASTA mais moins commun |
| MSF | Format d'alignement de séquences multiples |
| CLUSTAL | Format alignement de séquences multiples (fonctionne avec T-café) |
| SMS | Format texte |
| GIF, JPEG, PNG, PDF | Formats graphiques. Ne pas les utiliser pour stocker INFORMATIONSIMPORTANT. |
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